PHP
バックエンドの言語はいろいろありますけど、無難にPHPでいいかなと思います。
案件も多いですし、難易度も高くないので。
LaravelはRuby on Railsに影響を受けたフレームワークですので、Laravelで開発できればRailsの案件にも関われる可能性はあります。(Rails触ったことありませんが内定もらったことあるので)
PHPフレームワークLaravel入門 第2版
この一冊でLaravelの基本的なことは理解できると思いますのでwebで開発を始めたいならこれが入門にいいかなと思います。
一通りできるようになってきたら実戦開発の方に手を出すといいかもです。
Linux
新しいLinuxの教科書
Linuxの基本的なコマンドが乗っている本です。
ここに乗っているコマンドを使いこなせれば業務では困らないかと思います。
シェルスクリプトについても載っているのでお買い得です。
できるPRO CentOS 7サーバー
Linuxのシステムについて理解することができる良書です。
コマンドが詳しく乗っている訳ではないですが、エンジニアとして知ってLinuxの押さえておくべきことが乗っています。
開発手法
SCRUM BOOT CAMP THE BOOK
アジャイル・スクラムについて学びたいならまずはこの本です。架空のプロジェクトに合わせてわかりやすく説明されています。最初はさらっと流し読みして、何度か繰り返し読めばスクラム開発の流れは理解できるかと思います。